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银杏成分实时荧光PCR检测方法的建立
作者:张吉红1 徐 瑛1 王佳莹1 陈先锋1*
张吉红1 徐 瑛1 王佳莹1 陈先锋1*
银杏(Ginkgo biloba),银杏科银杏属植物[1],是集观赏、营养、生态和医药等功能于一体的植物。在我国1999年公布的《国家重点保护野生植物名录》(第一批)中,该树种被列入Ⅰ级国家重点保护野生植物[2-3]。银杏全身是宝,树干可用于加工木材、绿化道路、制作盆景等,银杏果是传统药食两用食品,可加工成饮品、糕点等;叶片提取物和制剂可用于化妆品、药品、生物饲料及生物农药 [4]。
我国每年有大量银杏盆景出口,虽为人工栽培种,仍须向海关报检。盆景苗木进出口时间多为每年11月至次年2月,此阶段正处于植物的落叶期,不利于银杏等盆景的查验。另外,银杏在加工使用过程中存在掺假现象,其中,中药材掺假会对治疗效果产生影响,甚至会产生副作用[5-6]。
目前,对银杏内酯、多糖、抗氧化肽等有效成分的检测鉴别方法是液相色谱、紫外光谱、质谱等波谱学方法,基于核酸分析技术对银杏性别、栽培品种等进行鉴别,以及对系统发育树和遗传多样性进行分析[6-8]。孟菊等[9]建立了银杏LAMP鉴定技术,可有效区分混伪品槐角和槐米。但该方法容易造成污染,在试验操作过程中需要采取相应的措施。目前,还没有银杏成分real-time PCR鉴定方法的报道。本文根据银杏的叶绿体基因trnS-trnG间隔区序列,建立了real-time PCR特异性鉴定方法,将为海关执法、CITES履约、中药材真伪鉴定以及林业管理等提供更加快速科学的技术支撑。
1 材料与方法
1.1 材料来源
试验所用植物材料部分来自宁波口岸入境的种苗,另外大部分采自南京、沈阳、杭州等地,均已经过相关专家的鉴定确认,共采集57份样品,其中2份为银杏样品(不同栽培种),见表1。样品保存于宁波海关技术中心实验室。白果粉、银杏奶茶、银杏晶、银杏叶粉等4份银杏制品购自淘宝。
1.2 主要试剂与仪器
TransStart Probe qPCR SuperMix(北京全式金生物公司);核酸提取试剂DNeasy Plant Mini kit(69104)(凯杰公司);采用ABI stepone plus荧光定量PCR仪测量实时荧光PCR;全自动核酸提取仪为QIAGEN QIAcube connect。
1.3 模板DNA提取
样品研磨打碎,取100 mg粉样于1.5 mL离心管中,加入CTAB提取液600 µL,充分振荡混匀;65℃水浴30 min,不时颠倒混匀;10000 r/min离心5 min,取上清,等体积氯仿(三氯甲烷:异戊醇=24:1)抽提1次;取上清,再加入1200 µL的CTAB沉淀液,室温沉淀60 min,12000 r/min离心10 min,弃上清;加入350 µL NaCl溶液溶解沉淀,再用等体积氯仿抽提1次;取上清,加入相同体积的异丙醇,于4℃条件下放置10 min以上,12000 r/min离心10 min,弃上清;70%乙醇洗涤1~2次,待晾干后,加入100 µL TE缓冲液溶解核酸,4℃保存备用[10]。也可用相应市售DNA提取试剂盒提取DNA。
1.4 引物与探针设计
在GenBank中获得已登录的银杏基因序列[11],先比对其同源性,采用BLAST程序测试,再选取在同源性序列中的高度保守区,随后设计银杏的特异性引物与探针,采用Primer Express 3.0软件,序列见表2。FAM荧光报告基团位于探针5′端,淬灭基团Eclipse位于3′端。采用SN/T 1204-2016中18S rRNA序列[12]为内源基因。
表2 用于实时荧光PCR检测银杏的引物与探针
Table 2 Primers and probes for real-time PCR detection of Ginkgo biloba
名称 | 序列 | 扩增产物 (bp) |
GBYinx-F | 5′-CTGCTTTCCTCCCTGTTGGA-3′ | 66 |
GBYinx-R | 5′-ACTATACCCGCTACGATTTGATTGT-3′ | |
GBYinx-P | 5′-FAM-AAAAGATCGATCCGTATGC-MGB-3′ | |
18SrRNA-F | 5′-CCTGAGAAACGGCTACCA-3′ | 65 |
18SrRNA-R | 5′-CGTGTCAGGATTGGGTAAT-3′ | |
18SrRNA-P | 5′-FAM-TGCGCGCCTGCTGCCTTCCT-Eclipse-3′ |
1.5 内源基因检测
依据SN/T 1204-2016[12]的标准,内源基因的Ct值应≤30才可进行后续试验。对提取的DNA模板进行real-time PCR测试,采用植物通用基因18S rRNA测试,待测样品出现典型扩增曲线,证明DNA提取成功;如未出现,说明DNA提取的质量出现问题,或DNA提取液中有某种因子存在抑制PCR反应,则需重新提取DNA,直至所有待测样品扩增出PCR产物。扩增条件同1.6所述。
1.6 实时荧光PCR扩增
real-time PCR反应体系:Probe qPCR Master Mix(2×)10 L;上游引物(10 mol/L)0.40 L;下游引物(10 mol/L)0.40 L;探针(10 mol/L) 0.80 L;ROX 0.4 L;DNA模板4.0 L;补水至20 L。
real-time PCR反应程序:50℃ 2 min;95℃ 10 min;95℃ 15 s,60℃ 30 s,运行40个循环。
1.7 特异性试验
分别提取来自银杏、雪松、侧柏、刺柏、水杉等28种植物采集的57个样品的核酸,并对其进行real-time PCR扩增检测,观察其反应体系的特异性。反应条件同1.6所述。
1.8 灵敏性试验
取银杏枝干提取的DNA,测定其DNA浓度,采用紫外分光光度法进行测量,对其DNA进行10倍梯度稀释,取不同浓度的DNA模板分别进行实时荧光 PCR检测。
1.9 银杏制品的检测
分别提取白果粉、银杏奶茶、银杏晶和银杏叶粉的核酸进行real-time PCR扩增。反应条件同1.6所述。
2 结果与分析
2.1 内源基因检测
对57份DNA模板进行real-time PCR检测,采用通用植物内源基因18S rRNA进行测试,所有样品均出现典型扩增曲线,且其Ct值在18~29之间。试验结果表明,所有样品DNA提取成功且符合要求,都可以进行后续的特异性试验及灵敏度试验,如图1所示。
图1 57份待测样品的内源基因实时荧光PCR扩增结果
Fig.1 Results of real-time PCR detection for 18S rRNA of 57 samples
2.2 实时荧光PCR检测特异性
银杏引物与荧光探针特异性研究表明,Y8、Y14的银杏样品出现典型的扩增曲线,而其他样品均未出现典型的扩增曲线,如图2所示。结合前文BLAST的特异性与同源性比较结果,这对引物与荧光探针在检测银杏方面具有良好的特异性。
图2 银杏的实时荧光PCR特异性扩增结果
Fig.2 Results of real-time PCR specific amplification of Ginkgo biloba
2.3 实时荧光PCR检测灵敏度
将银杏核酸提取出来后,测定其核酸浓度为1.3 ng/µL。将银杏的DNA基因组进行10倍系列稀释,用以检测灵敏度。采用real-time PCR方法检测。扩增结果表明,在核酸原液以及10-1~10-5倍的稀释液样本中均出现典型的扩增曲线,其Ct值分别为18.62、21.91、25.49、28.90、32.47和35.43,而在10-6和10-8 DNA稀释液样本中未出现典型扩增曲线,其试验结果为阴性,如图3所示。该灵敏度试验标准曲线的相关系数取0.996,如图4所示,检测限量取1.3×10-5 ng/L。
2.4 银杏制品的检测
分别提取白果粉、银杏奶茶、银杏晶和银杏叶粉的核酸进行real-time PCR扩增,结果显示4份样品均扩增出典型曲线,Ct值分别为18.7、30.4、26.3和15.6,白果粉和银杏叶粉中银杏含量较高,银杏奶茶和银杏晶中的银杏含量较低,如图5所示。
图3 银杏的实时荧光PCR扩增结果标准曲线
Fig.3 Results of real-time PCR standard curve of Ginkgo biloba
图4 实时荧光PCR法检测银杏的灵敏度
Fig.4 Sensitivity of real-time PCR detection for Ginkgo biloba
3 结论
本试验采用凯杰的核酸提取试剂DNeasy Plant Mini kit(69104)可有效提取到银杏及白果粉、银杏奶茶、银杏晶等粗加工产品的核酸,但提取不到银杏深加工产品(如银杏叶提取物滴剂、银杏叶片等国药准字药品)的核酸。尝试采用传统的CTAB方法和凯杰的DNeasy mericon Food Kit(69514)试剂盒法,均无法提取到银杏深加工产品的核酸(数据未显示)。银杏是单纲、单目、单科、单属、单种植物,无法选取与其亲缘相近的植物比较,因此本试验选取了27种55个同为裸子植物的参试材料。
叶绿体基因trnS-trnG间隔区序列位于非编码区,在序列和结构上都相当保守,同时因其进化速率快,不同类群间差异较大,因而广泛应用于属下种间以及近缘属间的系统发育关系研究[13]。本研究采用BLAST序列进行比对筛选,选取银杏trnS-trnG间隔区序列,设计开发了引物探针,用于针对银杏特异性,通过该引物探针可将银杏目、松杉目、红豆杉和松柏目等27种不同植物与银杏进行区分,表明其具有良好的特异性。本方法检测限量为1.3×10-5 ng/L,与孟菊等[9]建立的银杏LAMP检测方法灵敏度相当,具有很好的灵敏度。本方法的建立有助于规范进出口银杏幼苗、植株以及木材和成品监管,并可鉴定银杏制品的真伪,提高鉴定准确率,为口岸精准和快速鉴定提供了标准和依据。
基金项目:海关总署科研项目(2021HK160),宁波市科技计划项目(2019C10087)
第一作者:张吉红(1978—),女,汉族,山东商河人,博士,研究员,主要从事物种鉴定,E-mail: 1203064973@qq.com
通讯作者:陈先锋(1972—),男,汉族,浙江东阳人,博士,研究员,主要从事动植物检疫,E-mail: chenxianfeng@customs.gov.cn
1. 宁波海关技术中心 宁波检验检疫科学技术研究院 宁波 315012
1. Ningbo Academy of Inspection and Quarantine, Ningbo Customs Technical Centre, Ningbo 315012
表1 试验材料
Table 1 Samples
样品编码 | 中文名称 | 拉丁学名 | 样品来源地 |
12281 | 柳杉 | Cryptomeria fortunei | 中国杭州 |
12282 | 冷杉 | Abiesfabri | 中国杭州 |
12283 | 金钱松 | Pseudolarixamabilis | 中国杭州 |
12284 | 日本落叶松 | Larixkaempferi | 中国沈阳 |
12285 | 黄花落叶松 | Larixolgensis | 中国沈阳 |
12286 | 日本落叶松 | Larixkaempferi | 中国宁波 |
12287 | 墨西哥落羽杉 | Taxodiummucronatum | 中国宁波 |
12288 | 水松 | Glyptostrobuspensilis | 中国宁波 |
12289 | 白皮松 | Pinusbungeana | 中国宁波 |
122810 | 柳杉 | Cryptomeria fortunei | 中国宁波 |
122811 | 池杉 | Taxodiumascendens | 中国宁波 |
122812 | 北美红杉 | Sequoia sempervirens | 中国宁波 |
122813 | 金钱松 | Pseudolarixamabilis | 中国宁波 |
122814 | 黑松 | Pinusthunbergii | 中国宁波 |
122815 | 落羽杉 | Taxodium distichum | 中国宁波 |
122816 | 华山松 | Pinusarmandii | 中国宁波 |
122817 | 日本五针松 | Pinusparviflora | 中国宁波 |
122818 | 雪松 | Cedrusdeodara | 中国宁波 |
122819 | 江南油杉 | Keteleeriacyclolepis | 中国宁波 |
122820 | 水杉 | Metasequoiaglyptostroboides | 中国宁波 |
122821 | 湿地松 | Pinuselliottii | 中国宁波 |
122822 | 杉木 | Cunninghamialanceolata | 中国建德 |
122823 | 福建柏 | Fokieniahodginsii | 中国建德 |
122824 | 侧柏 | Platycladus orientalis | 中国建德 |
122825 | 柳杉 | Cryptomeria fortunei | 中国建德 |
122826 | 马尾松 | Pinusmassoniana | 中国南京 |
122827 | 江南油杉 | Keteleeriacyclolepis | 中国南京 |
122828 | 雪松 | Cedrus deodara | 中国南京 |
122829 | 刺柏 | Juniperusformosana | 中国宁波 |
122830 | 水杉 | Metasequoiaglyptostroboides | 中国宁波 |
122831 | 铁坚油杉 | Keteleeriadavidiana | 中国南京 |
122832 | 日本五针松 | Pinusparviflora | 中国南京 |
122833 | 黑松 | Pinusthunbergii | 中国南京 |
122834 | 金钱松 | Pseudolarixamabilis | 中国南京 |
122835 | 日本冷杉 | Abiesfirma | 中国南京 |
122836 | 黄枝油杉 | Keteleeriadavidiana | 中国南京 |
122837 | 白皮松 | Pinusbungeana | 中国北京 |
122838 | 雪松 | Cedrus deodara | 中国宁波 |
122839 | 日本五针松 | Pinusparviflora | 中国宁波 |
122840 | 圆柏 | Sabina chinensis | 日本千叶县 |
122841 | 圆柏 | Sabina chinensis | 日本千叶县 |
122842 | 刺柏 | Juniperusformosana | 日本千叶县 |
122843 | 侧柏 | Platycladus orientalis | 日本千叶县 |
122844 | 马尾松 | Pinusmassoniana | 中国宁波 |
122845 | 雪松 | Cedrus deodara | 中国宁波 |
122846 | 银杏 | Ginkgo biloba | 中国宁波 |
122847 | 罗汉松 | Podocarpusmacrophyllus | 日本千叶县 |
122848 | 罗汉松 | Podocarpusmacrophyllus | 日本千叶县 |
122849 | 罗汉松 | Podocarpusmacrophyllus | 中国宁波 |
122850 | 东北红豆杉 | Taxuscuspidata | 日本千叶县 |
122851 | 金钱松 | Pseudolarixamabilis | 中国宁波 |
122852 | 银杏 | Ginkgo biloba | 中国宁波 |
122853 | 池杉 | Taxodiumascendens | 中国宁波 |
122854 | 湿地松 | Pinuselliottii | 中国宁波 |
122855 | 罗汉松 | Podocarpusmacrophyllus | 中国宁波 |
122856 | 罗汉松 | Podocarpusmacrophyllus | 中国宁波 |
122857 | 日本五针松 | Pinusparviflora | 中国宁波 |
表1(续)
图5 银杏制品的实时荧光PCR扩增结果
Fig.5 Results of real-time PCR detection for Ginkgo biloba products
参考文献
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(文章类别:CPST-C)
第3卷 第11期
2021年11月
前沿科技 / Leading Technology