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用于活菌检测的三种光源对比分析
作者:黎财慧 王小玉 闫邦奇 游淑珠 姚丽峰 冯家望
黎财慧 王小玉 闫邦奇 游淑珠 姚丽峰 冯家望
利用光催化作用将染料与死菌结合,使PCR检测试验中死菌扩增受到抑制,活菌扩增不受影响,能有效避免假阳性结果[1-2],这种能够区分活/死菌的检测研究一直备受关注。传统的病原菌检测耗时较长,通常需要3~5 d。随着现代分子生物学的发展,普通PCR和实时荧光PCR在实验中被更广泛地应用,但这两种方法都存在无法检测活/死菌的问题[3-4]。叠氮溴化乙锭(ethidium monoazide bromide,EMA)能在强光催化作用下穿过破损细胞膜进入死菌细胞,与死菌的DNA反应产生共价结合,使死菌DNA无法被PCR扩增而不影响活菌的荧光染料[5]。目前,光催化过程使用的光源有大功率卤素灯[6-7]、LED光解仪[8]、自制大功率LED蓝光装置等。本文运用前期研究的叠氮溴化乙锭结合实时荧光PCR(ethidium monoazide bromide real-time PCR,EMA-RT-PCR)快速检测沙门氏菌活菌的技术,从光源组成、作用机理、纯培养样本检测等方面对3种光源进行对比分析,以便于实验人员选择合适的光源进行活菌检测研究。
1 光源组成
1.1 卤素灯实验装置
由实验室自行组装而成。大功率卤素灯、碘钨灯、卤钨灯为一类,此处统称为卤素灯,通常由500~750 W的大功率发热光源、风扇等外置冷却装置、冰块、置物架等组成。
1.2 LED光解仪
由厂家提供。该仪器由样品放置孔位、蓝色热稳定的LED光源、内置冷却装置、定时装置组成。
1.3 自制大功率LED蓝光装置
由实验室自行装配完成。仪器由样品定位孔、大功率蓝色LED灯带、外置温度监控装置、铝箔组成的光线反射收集装置、外置冷却装置等组成。
2 EMA作用机理及各光源的操作
2.1 EMA作用机理
目前,绝大多数学者所接受的活菌判定标准为:细菌细胞膜受损且不再具有代谢活性,在适宜的生存条件下无法恢复生长的菌体[9]。EMA无法进入活菌的完整细胞,但能够通过破损细胞膜进入死菌细胞中与DNA结合,在可见光(最大吸收波长为464 nm)作用下,EMA中的光敏基团与死菌DNA结合产生共价体,使其无法进行后续的PCR扩增,未结合的残留EMA在持续强光照射下与水分子继续反应生成稳定化合物,使得残留的EMA在后续反应过程中无法与活菌DNA产生链接反应,从而使活菌的DNA能正常进行PCR扩增[10-11]。光反应的效果与光源种类、光照时间、菌液和染料配比等相关。
2.2 光源的操作方法
2.2.1 卤素灯操作方法
使用500~750 W的大功率卤素灯光源,将样品倾斜放置在距离光源15~30 cm位置的冰浴中,光照反应5~30 min,在保证样品得到光敏反应所需吸收波长的同时,活菌不会因高温致死。
2.2.2 LED光解仪操作方法
利用LED代替卤素灯光源,由于光敏反应的最大吸收波长为464 nm[12],蓝色LED发出的波长与卤素灯的波长基本一致[10]。将样品放置在LED光解仪器中,设定光反应时间后打开灯源开关,仪器内置散热装置自动启动,光照反应5~30 min。
2.2.3 自制大功率蓝光装置操作方法
借鉴蓝色LED波长与卤素灯效果基本一致的观点[10],将样品放入样品定位孔中,打开温度监控、外置散热、反射光收集装置,光照反应5~30 min。
3 材料与方法
3.1 菌株
试验所用菌株为肠炎沙门氏菌(CCTCC AB 94018),现保存于本实验室。
3.2 主要试剂和仪器
沙门氏菌培养基购自北京陆桥有限公司。
试剂:Chelex-100购自美国SIGMA公司;EMA购自美国Biotium公司;Premix Ex TaqTM(Probe qPCR)购自宝生物工程(大连)有限公司;DEPC水购自上海生工生物公司。
仪器:7500 FAST型实时荧光PCR仪(美国Applied Biosystems公司)。
3.3 引物和探针
参考SN/T 1870-2016《出口食品中食源性致病菌检测方法 实时荧光PCR法》合成沙门氏菌引物和探针。正向引物:5'-GCGGCGTTGGAGAGTGATA-3';反向引物:5'-AGCAATGGAAAAAGCAGGATG-3';探针:FAM-CATTTCTTAAACGGCGGTGTCTTTCCCT-BHQ1。
3.4 实验方法
3.4.1 沙门氏菌培养及其活/死菌菌悬液制备
将沙门氏菌菌株纯培养物于生理盐水中混匀。根据本实验室前期已测得的麦氏浊度仪与沙门氏菌的浓度关系,制备活菌菌悬液并调节菌液浓度至2.5×106 CFU/mL;取该浓度活菌菌悬液置于100℃水浴中热致死10 min,得到死菌菌悬液。同时,将处理后的菌悬液用PCA进行倾注平板法计数,36℃培养48 h,以确定死菌菌悬液是否完全灭活。
3.4.2 菌株DNA模板提取
本试验采用10% Chelex-100提取方法,取菌悬液1 mL于灭菌离心管中,12000 r/min离心5 min。弃上清,在沉淀中加入100 μL 10% Chelex-100溶液,漩涡振荡5~10 s;56℃水浴30 min,漩涡振荡5~10 s;100℃水浴10 min,取出漩涡振荡5~10 s;12000 r/min离心5 min,取上清液作为DNA模板。
3.4.3 RT-PCR检测体系的建立
RT-PCR反应体系(25 μL):Premix Ex TaqTM(Probe qPCR)12.5 μL,正向引物1.0 μL(10 μmol/L),反向引物1.0 μL(10 μmol/L),探针1.0 μL(10 μmol/L),DEPC水7.5 μL,DNA模板2 μL。
反应条件:95℃预变性3 min,94℃变性5 s,60℃退火延伸40 s,同时收集FAM荧光,进行45个循环。Ct值<36,可判定样品结果为阳性。
3.4.4 不同光解装置对活菌的检测
根据本实验室前期研究的沙门氏菌EMA作用条件,取制备好的2.5×106 CFU/mL活菌菌悬液4份于灭菌离心管中,分别加入终浓度为2.5 μg/mL的EMA工作液,混匀后避光反应5 min,分别放入3款光解装置中曝光10 min,按照3.4.2所述方法提取DNA,采用3.4.3所述的反应体系和条件进行RT-PCR反应,每组3个平行,并设1个无光照反应的空白对照。
3.4.5 不同光解装置对死菌的检测
取制备好的2.5×106 CFU/mL死菌菌悬液于灭菌离心管中,分别加入终浓度为2.5 μg/mL的EMA工作液,混匀后避光反应5 min,分别放入3款光解装置中光解10 min,按照3.4.2所述方法提取DNA,采用3.4.3所述的反应体系和条件进行RT-PCR反应,每组3个平行,并设1个无光照反应的空白对照。
3.4.6 不同光解装置对同体积活菌与死菌混合液的检测
取制备好的同体积的2.5×106 CFU/mL活菌菌悬液和死菌菌悬液4份加入离心管中,加入终浓度为2.5 μg/mL的EMA工作液,暗反应5 min后分别放入3款光解装置中光解10 min,按照3.4.2所述方法提取DNA,采用3.4.3所述的反应体系和条件进行RT-PCR反应,每组3个平行,并设1个无光照反应的空白对照。
4 结果与讨论
4.1 不同反应装置对活菌的检测结果
不同反应装置对活菌的检测结果见表1。3款装置的活菌检测效果均较好,活菌Ct值<36,为阳性,均与空白对照相差不大,活菌的PCR扩增均正常。卤素灯和LED光解仪的平行样品检测数值都比较平均,变化不明显;自制光解装置3个平行样品的扩增正常,检测数值对比其他两款装置变动稍大,说明其稳定性稍差。
4.2 不同反应装置对死菌的检测结果
不同反应装置对死菌的检测结果见表2。卤素灯和LED光解仪检测Ct值>36,结果均为阴性,与空白对照的Ct值相差约为11,说明死菌得到很好抑制;且这两款装置的平行样品检测数值都比较平均,差异不明显;自制光解装置3个平行样品出现一个样品检测Ct值<36,为阳性,两个样品检测Ct值>36,为阴性。与空白样品相比,3款光反应装置对于死菌都产生了抑制作用,且卤素灯和LED光解仪的效果好于自制光解装置。
表1 不同光反应装置对活菌的检测结果
Table 1 Results of viable bacteria detection by different photoreaction devices
光源 | 活菌Ct值 | |||
平行1 | 平行2 | 平行3 | 空白对照 | |
卤素灯 | 26.51 | 26.31 | 27.08 | 25.26 |
LED光解仪 | 26.85 | 27.11 | 26.57 | |
自制蓝光装置 | 27.12 | 26.66 | 28.13 |
表2 不同光反应装置对死菌的检测结果
Table 2 Results of dead bacteria detection by different photoreaction devices
光源 | 死菌Ct值 | |||
平行1 | 平行2 | 平行3 | 空白对照 | |
卤素灯 | 37.2 | 36.89 | 37.42 | 25.89 |
LED光解仪 | 36.53 | 37.21 | 37.16 | |
自制蓝光装置 | 36.23 | 34.35 | 37.69 |
由于在4.2节所述死菌检测结果中,自制蓝光装置的数据变化稍大,因此针对该装置,增加实验组和平行样品检测,检测结果见表3。从检测结果可知,增加平行样品检测并取平均值后,该装置死菌检测的Ct值均大于36,为阴性,效果良好。
4.3 不同反应装置对同体积活菌与死菌混合液的检测
不同种检测光源对同体积活死菌试验数据见表4。卤素灯、LED光解仪和自制蓝光装置检测的Ct值均小于36,活菌PCR扩增均未受到影响,死菌受到抑制,光解作用效果良好。卤素灯和LED光解仪的3组平行样品数值比较平均。
表4 不同光反应装置对混合菌检测结果
Table 4 Results of mixed bacteria detection by different photoreaction devices
光源 | 混合菌Ct值 | |||
平行1 | 平行2 | 平行3 | 空白对照 | |
卤素灯 | 28.69 | 29.92 | 30.07 | 27.61 |
LED光解仪 | 29.85 | 29.11 | 30.57 | |
自制蓝光装置 | 30.12 | 28.66 | 29.13 |
5 结论
光反应产物结合死菌DNA效率的主要影响因素包括光源种类、光照时间、菌液浓度、EMA浓度等。各光源因光谱不同、稳定性、人为操作等原因,影响光反应的效果[13-14]。
卤素灯在使用中仍存在较多问题,目前市场上没有相关成品,只能自行购买零件进行组装。大功率光源产生热量极高,试验需要将样品倾斜置于冰上进行,以确保样液在获得充分光照的同时保证菌的活性,因此一般要求样品离光源15~30 cm;整个操作容易产生污染,并且由于人为操作的不确定性,试验结果也会受到影响。
用同波长的蓝色LED替代卤素灯,根据上述试验结果,两者效果相当。蓝色LED所产生的热量比卤素灯小很多,其自带的冷却装置能防止样品过热,又能避免过多的人为操作产生试验误差。多个LED灯珠位点的分布能够使样品光照均匀,操作简便,并且能保证试验结果的准确性。
自制大功率蓝光装置也是考虑了波长与卤素灯相当的问题。计算好样品孔位,缠绕蓝色LED灯带,使样品孔位的前后左右及下方都有足够的光照提供。并且外置铝箔收集散射光,使反射出去的光线再次汇聚到样品上。外置的温度监控和风扇能在监测样品温度的同时达到散热的目的,保证试验结果。该装置能大大减少实验设备经费的支出。从上述试验结果对比可以看出,该装置在活菌和死菌的检测上效果与其他两款设备基本一致。由于该蓝色LED灯带为装饰性产品,缺乏统一行业标准,光效和显色性等都存在不确定性,死菌的检测结果不够稳定,如果使用该装置,建议将平行样品的检测数量增加到5个,并取平均值,以减少试验误差。
本研究从实际出发,比对了活菌检测试验中常用的光源设备,并通过试验数据分析了光源作用的效果及优劣性,能够为实验人员在选择合适光源装置上提供数据参考。
参考文献
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基金项目:珠海市科研项目(ZH22036201210211PWC),拱北海关科技计划项目(2021GK011)
第一作者:黎财慧(1979—),女,汉族,海南琼海人,本科,农艺师,主要从事微生物学与分子生物学研究,E-mail: 54769709@qq.com
通信作者:冯家望(1965—),男,汉族,湖北荆州人,硕士,研究员,主要从事食品工程及食品安全研究,E-mail: 1696074@qq.com
1. 拱北海关技术中心 珠海 519015
1. Gongbei Customs Technical Center, Zhuhai 519015
表3 自制蓝光装置对死菌的检测结果
Table 3 Results of dead bacteria detection by self-made blue light apparatus
实验组 | 死菌Ct值 | 平均Ct值 | 标准偏差 | 空白 | ||||
平行1 | 平行2 | 平行3 | 平行4 | 平行5 | ||||
1 | 36.237 | 36.84 | 36.350 | 35.570 | 37.69 | 36.54 | 0.7876 | 25.89 |
2 | 36.250 | 36.87 | 36.142 | 37.213 | 35.67 | 36.43 | 0.6123 | 26.02 |
3 | 36.210 | 37.07 | 36.515 | 37.010 | 36.83 | 36.72 | 0.3588 | 26.12 |