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名贵中药降香的实时荧光PCR检测方法研究
作者:闫邦奇 徐淼锋 王祥红 水克娟 林伟 张卫东 廖力
闫邦奇 徐淼锋 王祥红 水克娟 林伟 张卫东 廖力
中药降香为豆科植物降香檀树干和根的干燥心材,具有化瘀止血、理气止痛等功效[1],主要分布于海南省,在广东、福建、广西等地也有栽培种植。药理研究表明,降香具有舒张血管、抗炎抑菌、抗氧化、抗肿瘤等作用,尤其在心脑血管疾病治疗方面表现出较为明显的疗效[2-5],具有极高的药用价值。除药用价值外,由于降香檀心材质地密实,纹理美观且香气持久,是制作高档家具的优良材料,被称为“红木之首”。但因其生长缓慢,成材木料十分稀少,一件成品家具动辄百万元,是名副其实的“木中黄金”[6]。随着木材市场的火爆,降香檀的市场需求激增,过度采伐对生态环境造成了极大破坏,现如今,降香檀已是《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ、《国家重点保护野生植物名录》和《中国生物多样性红色名录——高等植物卷》中的受保护物种。
由于降香资源相对短缺,在巨大利润的驱使下,药材市场混伪品不断出现,如滇黔黄檀(D. yunnanensis)、印度黄檀(D. sissoo)、交趾黄檀(D. cochinchinensis)、斜叶黄檀(D. pinnata)、两粤黄檀(D. benthami)、海南黄檀(D. hainanensis)、阔叶黄檀(D. latifolia)等经常与降香混用[7]。因中草药在临床应用上的复杂性,中草药基原混淆、仿冒品和替代品日益增多,掺杂造假等情况容易导致患者使用后出现严重的不良反应,甚至危害到患者的生命安全[8]。目前降香的鉴别方式多为性状鉴别、显微鉴别、理化鉴别等,如形态鉴别法[9]、试管加热法[10]、火试法[11]、气相色谱法[12]、液相色谱法[13]、气相色谱-质谱联用法[14]。虽然物理鉴别方法操作简单,但对同属近似种类却难以准确鉴别,而理化鉴别方法又操作复杂,成本高且耗时长。近年来,DNA条形码技术在物种鉴定上被广泛应用[7,15],例如应用DNA条形码技术对大量动植物药材进行鉴定,具有高通用性、高效筛选能力[8,16]。然而该方法具有一定的局限性,如不同引物可能导致不同的测试结果[17]和近缘种类难以区分等情况。
为提高降香鉴定的准确性和高效性,本研究拟对降香及其伪品,依据其基因组序列的特点,设计出适用于降香的实时荧光PCR的特异性引物和探针,建立中药降香的快速实时荧光PCR定性检测方法。
1 材料与方法
1.1 试验样品
本研究选取了降香檀、滇黔黄檀、两粤黄檀、印度黄檀、斜叶黄檀、阔叶黄檀、交趾黄檀、海南黄檀8种黄檀属植物心材或叶片共15个试验样品(表1)。所有木材样品均为气干材,室内常温保存;叶片保存于-80℃超低温冰箱。
1.2 仪器与试剂
SPEX 6875冷冻研磨系统(美国SPEX sample Prep);Eppendorf Centrifuge 5425冷冻离心机、ThermoMixer C恒温孵育器(德国艾本德公司);ESCO class Ⅱ生物安全柜(新加坡艺思高科技有限公司); FQD-96A荧光定量PCR仪(杭州博日科技股份有限公司);DNeasy植物核酸提取Mini试剂盒(批号:169033954,德国Qiagen GmbH);2X Superstart Premix实时荧光PCR缓冲液(批号:20220921,珠海宝锐生物科技有限公司)。
1.3 试验方法
1.3.1 样品研磨
去除心材样品表面腐朽部分杂质,锯切成小块放入冷冻研磨系统的研磨罐中,在液氮条件下,将这些样品研磨成细木粉,分装至2 mL的离心管中,置于-80℃低温冰箱中保存备用。
1.3.2 DNA提取
所有的DNA提取操作必须在洁净环境中进行,以避免外源污染。本研究采用改进的DNeasy植物核酸提取Mini试剂盒方法[18],基于原有试剂盒方法进行了改进,在裂解时加入聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、蛋白酶K、RNaseA。
1.3.3 引物探针设计
本研究通过NCBI数据库检索黄檀属种类的叶绿体全基因组序列和样品测得的序列,利用MEGA 7.0进行比对分析,采用Primer 5.0软件和NCBI中Primer-Blast在黄檀属叶绿体基因组cemA与petA基因之间的非编码片段,筛选设计了特异性引物探针Do4和黄檀属通用引物探针petA(表2),引物探针由广州天一辉远基因科技有限公司合成。
1.3.4 实时荧光PCR反应
实时荧光PCR反应体系的反应总体积为25 μL。各组分组成如下:12.5 μL 2×PCR缓冲液(2X Superstart Premix,含dNTP混合液,Mg2+),DNA模板5 μL,上下游引物(10 μM)0.75 μL,探针(10 μM)0.5 μL,加入ddH2O补足体积至25 μL,体系配好后进行实时荧光定量PCR扩增。PCR反应条件:95℃预变性10 min,95℃变性15 s,60℃退火、延伸60 s,40个循环。
1.3.5 通用性和DNA提取有效性验证
以黄檀属8个近似种的15个试验样品所提取的基因组DNA为模板,采用1.3.4节所述实时荧光PCR反应体系及条件,对黄檀属通用引物探针petA进行通用性验证,同时对利用1.3.2节所述DNA提取方法提取的基因组DNA进行验证,根据结果判断是否提取到有效基因组DNA。
1.3.6 特异性检测
利用降香檀、滇黔黄檀、两粤黄檀、印度黄檀、斜叶黄檀、阔叶黄檀、交趾黄檀、海南黄檀8种黄檀属植物心材或叶片共15个试验样品所提取的基因组DNA,采用1.3.4节所述实时荧光PCR反应对本研究中设计的Do4引物探针进行特异性验证。
1.3.7 灵敏度验证
将提取的降香檀DNA分别进行梯度稀释至100 ng/μL、10 ng/μL、1 ng/μL、0.1 ng/μL、0.01 ng/μL、0.001 ng/μL、0.0001 ng/μL,以梯度稀释的DNA为模板进行实时荧光PCR反应,每个梯度进行了3次重复实验,检测特异性引物探针的灵敏度。
2 结果与分析
2.1 通用性和DNA提取有效性验证
以黄檀属8个近似种15个试验样品所提取的基因组DNA为模板,用所建立的实时荧光定量PCR检测体系,对黄檀属通用引物探针petA进行通用性验证,同时对提取的基因组DNA有效性进行验证。结果显示,15个试验样品均能扩增荧光曲线(图1),且Ct值均小于20,表明petA引物探针对黄檀属具有良好的通用性,采用的DNA提取方法能够从木材中提取到有效基因组DNA。
2.2 特异性检测
用所建立的实时荧光定量PCR检测体系,对降香檀、滇黔黄檀、两粤黄檀、印度黄檀、斜叶黄檀、阔叶黄檀、交趾黄檀、海南黄檀8个近似种15个试验样品进行特异性检测。结果显示,仅降香檀样品能扩增出荧光曲线(图2),其他近似种类均未扩增出荧光曲线,表明Do4引物探针具有良好的特异性。
图1 黄檀属通用性引物探针(petA)实时荧光PCR扩增图谱
Fig.1 The amplification map of universal primers and probes (petA) for Dalbergia spp.
1~3: 降香檀(Do191201、Dod-2、Dod-3); 4~15: 印度黄檀、两粤黄檀、斜叶黄檀、滇黔黄檀、阔叶黄檀、交趾黄檀、海南黄檀
图2 中药降香特异性扩增图谱
Fig.2 The specific amplification map of Dalbergia odorifera
2.3 灵敏度验证
用特异性引物探针Do4所建立的实时荧光定量PCR检测体系,以提取的降香檀DNA稀释7个10倍浓度梯度(100 ng/μL、10 ng/μL、1 ng/μL、0.1 ng/μL、0.01 ng/μL、0.001 ng/μL、0.0001 ng/μL)的DNA模板来确定PCR反应的检测灵敏度,每个梯度重复3次。结果显示(图3),模板浓度在0.001~100 ng/μL时均能扩增出荧光曲线;当DNA模板浓度为0.0001 ng/μL时,未能扩增出荧光曲线,表明该方法的检测限度为0.001 ng/μL,最适检测浓度为0.01~100 ng/μL。
1: 100 ng/μL; 2: 10 ng/μL; 3: 1.0 ng/μl; 4: 0.1 ng/μL; 5: 0.01 ng/μl; 6: 0.001 ng/μL
图3 中药降香灵敏度扩增图谱
Fig.3 The sensitivity amplification map of Dalbergia odorifera
3 结论与讨论
DNA提取是实时荧光PCR鉴定的首要环节,能否获得符合要求的DNA是本研究的关键之一。降香药材为降香檀的树干和根的干燥心材,质地坚硬,大部分中药材尤其是加工产品受高温、存储时间等因素的影响,木材组织的DNA普遍发生严重降解,导致DNA含量显著减少[18]。本文采用液氮研磨的方法将样品在超低温条件下充分研磨成粉末,利用改进的DNeasy植物核酸提取Mini试剂盒方法,从降香木材中提取符合要求的DNA片段,为降香实时荧光PCR检测方法的建立提供了基础,同时也为其他木材及其制品的DNA提取提供了技术参考。
植物性中药材的分子生物学鉴别多采用核基因序列ITS2片段,物种水平的鉴定效率高达92.7%,获得国际DNA条形码领域的广泛认可[16]。余敏等[19]对ITS2序列进行扩增,通过聚类分析可以区分降香檀和多裂黄檀。侯典云等[7]利用通用引物测定ITS2片段序列,通过中药材DNA条形码鉴定系统和构建邻接树法对降香药材及其混伪品进行鉴定。李奇威等[20]通过测定分析了ITS2序列变异位点,对降香檀、越南黄檀和多裂黄檀进行了有效区分。由于黄檀属种类ITS2变异位点少,无法在这个片段上设计有效的引物探针对降香檀进行鉴别,因此,本研究针对降香檀叶绿体非编码基因设计了特异性引物探针,通过特异性检测显示引物探针Do4的特异性良好,仅降香檀样品能扩增出荧光曲线,其他近似种类均未扩增出荧光曲线,并且该引物探针灵敏度高,检测限度为0.001 ng/μL,最适检测浓度为0.01~100 ng/μL,完全可以解决降香药材DNA降解严重和DNA含量少的问题。
综上所述,本研究建立的针对中药降香的快速实时荧光PCR定性检测方法,具有特异性强、灵敏度高、检测周期短的优势,可用于降香药材及其产品的快速鉴定和分析,有效提高中药降香真伪鉴别水平。然而,针对目前中药材市场降香掺伪严重,甚至按定价来定制掺伪比例的情况,该方法无法对降香药材是否掺伪及掺伪比例进行定量鉴定。近年来,采用数字PCR技术可成功进行樱桃果汁掺伪检测[21]、羊肉成分掺假鉴定[22],因此,后续将开展中药降香掺伪定量检测技术研究,可为相关监管部门、行业协会、企业提供科学的技术支撑,进一步规范降香的药材市场贸易。
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表1 试验样品信息
Table 1 Test samples list
序号 | 样品编号 | 样品名称 | 产地 | 样品状态 |
1 | Do191201 | 降香檀 Dalbergia odorifera | 中国广东 | 叶片 |
2 | Dod-2 | 降香檀 Dalbergia odorifera | 中国海南 | 心材 |
3 | Dod-3 | 降香檀 Dalbergia odorifera | 中国广东 | 心材 |
4 | DSI-1 | 印度黄檀 Dalbergia sissoo | 中国云南 | 心材 |
5 | Db16 | 两粤黄檀 Dalbergia benthami | 中国海南 | 心材 |
6 | Dp8683 | 斜叶黄檀 Dalbergia pinnata | 缅甸 | 心材 |
7 | 1 | 两粤黄檀 Dalbergia benthami | 中国海南 | 心材 |
8 | 06 | 斜叶黄檀 Dalbergia pinnata | 老挝 | 心材 |
9 | 08 | 滇黔黄檀 Dalbergia yunnanensis | 中国云南 | 叶片 |
10 | 20 | 阔叶黄檀 Dalbergia latifolia | 马来西亚 | 叶片 |
11 | 21 | 交趾黄檀 Dalbergia cochinchinensis | 马来西亚 | 叶片 |
12 | 23 | 海南黄檀 Dalbergia hainanensis | 中国海南 | 叶片 |
13 | 24 | 滇黔黄檀 Dalbergia yunnanensis | 中国云南 | 心材 |
14 | 25 | 两粤黄檀 Dalbergia benthami | 中国广东 | 心材 |
15 | 31 | 斜叶黄檀 Dalbergia pinnata | 中国海南 | 心材 |
表2 引物探针信息
Table 2 The sequences of primers and probes
引物探针名称 | 引物探针序列 (5'-3' ) | 扩增产物 (bp) |
petA-F | CCATTTTTGCACAGCAGGGT | 121 |
petA-R | TCGGGAAGTACGGTTTGTGG | |
petA-P | HEX-CGCGAGAAGCAACTGGTCGTATT-BHQ1 | |
Do4-F | TCCACTGATCATATTTGAAAGTTTGT | 198 |
Do4-R | TTGGTAGGTTGCTGGCATAG | |
Do4-P* | FAM-CA(LNA-A)(LNA-A)TATTTT(LNA-A)A(LNA-A)(LNA-C)A(LNA-A)(LNA-C)ATTCAA-BHQ1 |
注: *代表探针中添加Tm增强剂(LNA)可提高探针退火温度
基金项目:汕头海关科研项目(2022STK003)
第一作者:魏建华(1977—),女,汉族,山西大同人,硕士,高级工程师,主要从事理化检测工作,E-mail: huajianwei@126.com
1. 汕头海关 汕头 515031
2. 广州海关 广州 510623
3. 宁波海关 宁波 315000
1. Shantou Customs, Shantou 515031
2. Guangzhou Customs, Guangzhou 510623
3. Ningbo Customs, Ningbo 315000